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[学习讨论] 关于染色体可及性检测方法

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 楼主| 发表于 2024-1-5 01:50:41 手机版 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 LSPdaihao999 于 2024-1-8 00:13 编辑
( o- I% T& ~6 G6 I: g/ K* m; e0 L+ b8 b/ ]( y7 |- ^. A(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
Chromatin accessibility profiling methods! b/ Q  H% k7 H8 y' T$ ~(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    染色质可及性是指染色质的物理压实程度。染色质是由DNA和主要由组蛋白、转录因子(transcription factors,TFs)、染色质修饰酶和染色质重塑复合物组成的复合物。虽然真核生物的基因组通常被封装在核小体中,核小体由约147bp的DNA包裹在组蛋白的八聚体上,但核小体在基因组中的占据情况并不均匀,并且在不同的组织和细胞类型中存在差异。核小体通常在代表顺式调控元素(增强子和启动子)和其他与转录调节器(如TFs)相互作用的位置被耗尽,导致可接触的染色质。. d  u* X. m) }+ ?(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    在全基因组范围内对染色质可及性进行分析,是从细胞类型或细胞状态中推断调控元素的一个很好的工具。) z  }* i, F# j(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    染色质的翻译后化学修饰,包括DNA甲基化(在脊椎动物中)和组蛋白甲基化和乙酰化,是不同细胞状态之间的动态变化,类似于核小体定位。这些修饰改变了染色质的物理化学特性,这反过来又能影响转录凝集物( transcriptional condensates)的形成。此外,活性染色质重塑影响核小体占据;例如,SWI/SNF复合物利用ATP水解改变组蛋白DNA接触,从而重新定位或去除核小体。染色质可及性的最初变化是由TFs的结合引起的,TFs竞争组蛋白并招募辅助因子,包括ATP依赖的染色质重塑器,或者由TFs优先结合到它们在核糖体DNA中的识别序列上。这些被称为先锋因子( pioneer factors)的初始TFs的结合可以招募其他TFs共同结合并进一步稳定核糖体缺失区域,进一步促进对目标基因的基因表达的调节。, u$ P3 R! Y4 F8 B7 f% g: s0 m( {6 m" v(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    DNase I仍然是TF足迹(TF footprinting)测定的首选试剂,由于TF本身对位点的保护,它可以确定TF结合位点的位置。
2 ^, [4 b5 v9 J# Z- _0 A. u0 i 51d49cdc8ff897de4a7908804c6a6779.png $ J8 v+ E- z& t' r& s% Y(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
图1:批量和单细胞水平的染色质可及性分析显示了假定的调控区域。
5 x, U8 C' Q; q, Y2 G    a | 染色质的图谱表示,其中转录因子(TF)结合的增强子和基因的启动子被核糖体耗尽,从而可被访问。TFs用彩色的圆圈表示,箭头表示增强子到目标基因启动子的3D环。b | 包含三种不同细胞群的异质样本的大量和单细胞染色质可及性图谱。在进行单细胞染色质可及性分析时,稀疏的单细胞数据被用来对细胞进行聚类,通常随后对每个聚类的读数进行汇总,从而重新构建每个聚类或细胞类型的假性大体概况。: h0 W4 o  t* h1 \% K(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
  n2 S/ `% C- o2 F/ f1 g7 O(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
表1 :三种最常用的染色质可及性分析方法的比较" a3 N  a& q6 Z) M5 ?(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
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参与人数 1软妹币 +255 收起 理由
navebayes + 255 cheese!!

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发表于 2024-1-8 00:18:04 | 显示全部楼层
基础50可读性50排版55内容75其他25总计255,希望下次可以看到更深刻和丰富的内容
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发表于 2024-1-5 09:45:31 手机版 | 显示全部楼层
是我的问题吗?怎么没看到图
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 楼主| 发表于 2024-1-5 11:55:11 手机版 | 显示全部楼层
7先生77 发表于 2024-1-5 09:45
, C. b5 v# o! E8 ?( Y6 C, d是我的问题吗?怎么没看到图
( d6 H+ U; c- B( M8 T(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
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发表于 2024-1-5 15:23:59 手机版 | 显示全部楼层
LSPdaihao999 发表于 2024-1-5 11:55
( |. q% y& K1 l( K* ^确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
$ ?; p# b8 r1 h+ ~& S(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
复制不带图片,要上传到附件然后添加进去
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发表于 2024-1-5 17:44:57 手机版 | 显示全部楼层
暂时不通过,请进行以下修改:2 |0 U1 \8 U$ n6 @; n; G) `. P(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
补充缺失资料(图片等)4 W% A( d2 Z1 ?5 P9 [# A(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
排版(太乱了)$ I3 y& K: r6 a2 c(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
完成后预计奖励:260
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发表于 2024-1-17 08:01:32 | 显示全部楼层
啥意思 看懵逼了
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